Le jeu se déroule en vue à la troisième personne, les joueurs affrontant de nombreux soldats en armure, des créatures mutantes et des ennemis jurés tels que Sabretooth, Magneto, Wendigo, Lady Deathstrike et Juggernaut. Bien que le Professeur X puisse aider Wolverine grâce à ses pouvoirs de télépathie, le héros de bande dessinée au caractère bien trempé doit finalement mener son aventure seul. Pour cela, les joueurs doivent exploiter les talents uniques de Wolverine afin de surmonter toutes sortes d'obstacles. Wolverine pourra traquer et pister ses proies grâce à son odorat surdéveloppé et à sa capacité à détecter la chaleur corporelle. Alors qu'il se fraye un chemin à travers les complexes militaires, il devra éviter les systèmes de défense et les gardes, et trouver le moyen de pénétrer dans des pièces verrouillées pour découvrir les informations dont il a besoin pour survivre.