Au cours de votre aventure, vous affronterez la Team Magma dans Pokémon Rubis Oméga et la Team Aqua dans Pokémon Saphir Alpha. La Team Magma cherche à agrandir les terres, tandis que la Team Aqua souhaite étendre les mers. Pour mener à bien ces grands projets, chacune fera appel au pouvoir d'un Pokémon légendaire : Groudon ou Kyogre. La Team Magma s'est lancée à la poursuite de Groudon, tandis que la Team Aqua s'est lancée à la poursuite de Kyogre. Qu'est-ce qui peut bien les pousser à aller aussi loin ?