Quel que soit le chemin que choisira Kyle Katarn, il changera à jamais le visage de la galaxie.
Star Wars Jedi Knight: Dark Forces II poursuit l'histoire de Kyle Katarn, un jeune mercenaire qui a réussi à infiltrer l'Empire, alors qu'il se lance dans une quête pour découvrir son passé et apprendre les voies des Jedi.

Afin de protéger la galaxie, Katarn doit affronter les assassins de son père, menés par le Jedi noir Jerec, et les empêcher de s'emparer des pouvoirs mystérieux de la « Vallée des Jedi », un lieu central du pouvoir Jedi et un cimetière Jedi. Alors que Katarn se lance dans son périple pour vaincre les Jedi noirs, il doit également façonner son destin, en choisissant de suivre soit le côté lumineux, soit le côté obscur.