Vous incarnez le Hiérarque Artanis, chef de la puissante race des Protoss. Il y a des années, votre monde natal, Aiur, est tombé aux mains de l'impitoyable essaim zerg. Aujourd'hui, vous avez enfin constitué une puissante flotte de vaisseaux de guerre, connue sous le nom d'Armada d'Or, et vous êtes prêt à reconquérir votre monde. Mais un mal ancien, Amon, menace ce destin et celui de toute la galaxie. Vous seul pouvez réunir les factions protoss et vaincre les ténèbres qui s'approchent avant qu'elles ne consumment toute vie dans le secteur.