Beyond Good & Evil est un jeu d'action-aventure mêlant des éléments de casse-tête et de furtivité. Le joueur incarne la protagoniste, Jade, dans une perspective à la troisième personne. Jade peut courir, se déplacer discrètement, sauter par-dessus des obstacles et des fossés, grimper à des échelles, pousser ou enfoncer des portes et des objets, et se coller contre les murs. Dans la peau de Jade, le joueur explore diverses installations à la recherche de la vérité sur une guerre contre une menace extraterrestre.