Dans ce jeu de combat de style arcade, les univers DC et Mortal Kombat sont chacun représentés par dix champions et un personnage « boss », pour un total de vingt-deux combattants. Le gameplay s'apparente à celui des jeux Mortal Kombat en 2D (avec quelques éléments en 3D), mettant davantage l'accent sur les coups spéciaux que sur les combos complexes présents dans les trois opus précédents (Deadly Alliance, Deception, Armageddon).

Comme dans tout jeu Mortal Kombat, les Fatalities sont toujours présentes pour les Kombatants et les méchants, bien qu'elles aient été légèrement atténuées pour respecter les normes de DC selon lesquelles des héros tels que Superman et Batman doivent respecter leur code moral et ne pas tuer leur adversaire. Par conséquent, les héros de DC exécutent des « Heroic Brutalities », qui mettent efficacement leur adversaire hors d'état de nuire.