Alors qu'une armée de démons assiège son village, un jeune ninja s'aventure dans un monde maudit afin de livrer un parchemin essentiel à la survie de son clan.
Faisant des attentes des joueurs un élément central de sa conception, The Messenger se présente d'abord comme un jeu de plates-formes et d'action en 8 bits doté d'un scénario simple, qui se transforme peu à peu en une épopée de voyage dans le temps, pour finalement se révéler être un jeu de type Metroidvania en 16 bits, offrant une grande rejouabilité et un humour pince-sans-rire.