Spider-Man: Edge of Time fait suite à Shattered Dimensions et, tout comme ce dernier, met en scène plusieurs Spider-Man. Ici, il s'agit du Spider-Man « Amazing » classique et de Spider-Man 2099, dans une histoire où se mêlent voyages dans le temps, combats temporels et Anti-Venom.

Le fil conducteur de cette histoire semble davantage s'apparenter à une histoire de Spider-Man 2099, puisqu'il est le seul personnage véritablement conscient des événements du jeu et des changements auxquels les deux Spider-Man sont confrontés. Dès le début, la situation est sombre pour Amazing Spider-Man, qui commence le jeu à l'article de la mort, et 2099 est le seul à pouvoir l'aider. Un nouveau méchant, Walker Sloan, fait son apparition avec un plan visant à reconstruire le passé (à partir de l’année 2099) à son image et selon ses desseins, ce qui finit par affecter les deux Spider-Man. À partir de là, le chaos s’installe à la manière typique des comics, avec un gameplay réparti de manière égale entre Am