2030. Newport City, Japon. Dans un monde informatisé, mais où les êtres indépendants (stand alone) ne forment pas encore une individualité en tant que complexe, la Section 9 de la Sécurité Publique est une unité de lutte contre le cyber-terrorisme. Appelée pour résoudre une prise d'otage dans un restaurant huppé, elle découvre une affaire délicate : l'une des victimes est le ministre des Affaires Etrangères.
Mais pourquoi l'armée veut-elle intervenir ? Qui est réellement visé ? Aramaki, le chef de la Section 9, et ses hommes menés par le major Kusanagi, vont devoir dénouer les fils de cette conspiration.