Raphael et Nobody partent à la recherche d'Alopex, seule et toujours affectée par l'emprise mentale de Kitsune, tandis que le gouvernement se lance dans une féroce chasse aux mutants. Traqués comme jamais, les fils de Splinter et les Mutanimaux vont devoir s'unir pour déjouer les terribles plans de la Force de Protection de la Terre. Désormais, plus aucun mutant n'est à l'abri !