Le royaume des chouettes et des hiboux est sous haute tension. Assoiffé de vengeance depuis sa défaite contre Soren, le sinistre Klud prépare dans l'ombre une attaque meurtrière. Il va lancer son armée à l'assaut du Grand Arbre de Ga'Hoole... Alors que les Nobles Gardiens de l'Arbre s'apprêtent à défendre chèrement leur honneur et leur vie, Soren est parti en mission spéciale dans un lieu qui hante ses cauchemars : la pension Saint-Aegolius ! Il s'est infiltré avec ses amis et doit recueillir des informations sans éveiller les soupçons de Crocus. Tous les espoirs du camp de la paix reposent désormais sur les épaules de Soren.