Dans l'ombre depuis quelques temps, l'ennemi juré des Tortues est de retour plus déterminé et mieux accompagné que jamais. Alors que Raphael et Casey Jones effectuent leur ronde par une paisible nuit new yorkaise, ils tombent nez à nez avec des soldats du clan Foot, qu'ils pensaient disparus. Ce mystère serait-il la partie émergée du plan ultime d'Oroku Saki, le terrible maître ninja plus connu sous le nom de Shredder ?