"City Fall" touche à son paroxysme quand Shredder dévoile son commandant en second et déclenche un assaut sans précédent sur la ville de New-York. Leonardo semble perdu pour la cause des Tortues et rien ne semble pouvoir arrêter le Foot Clan. S'ils veulent garder leur ville intacte, les élèves de Splinter vont devoir recourir à des alliances sans précédent, et lancer toutes leurs forces dans le combat pour triompher de leur ennemi juré.