Encore bouleversées par les conséquences de la Chute de New York, les Tortues trouvent refuge à la campagne. Mais des questions cruciales restées sans réponse et des tensions nouvelles au sein de leur groupe sèment d'embuches le chemin vers la sérénité. Chacun devra trouver sa voie seul, et lutter contre les fantômes de son passé, pendant que le Clan Foot en profite pour se renforcer.